Во время Великой Отечественной войны галерею пришлось перевезти в Ереван, где она продолжила свою деятельность до освобождения Крыма. Огромный вклад в сохранение коллекции полотен внес его директор Басрамов. Вопреки указу сверху отправить экспонаты в Сталинград, он переслал их в Армению. После возвращения коллекции в разрушенный город, были проведены работы по реставрации здания. Весной 1946 года Дом Айвазовского в Феодосии вновь открыл свои двери для посетителей.
Интересная история связана с бюстом Айвазовского работы скульптора Бернштама. Во время эвакуации коллекции, он был утерян в порту. Бюст нашли военные и отправили на фронт в составе имущества части майора Черныша. По окончанию военных действий его возвратили обратно в галерею.
В обновленном здании Феодосийского музея появились новые помещения: мемориальный зал и лекторий. В 80-х годах Дому Айвазовского присвоили орден Дружбы народов. В 2001 галерея стала носить статус национальной. Феодосийский музей пережил множество тяжелых исторических событий, но действует до сих пор.